1. Улучшенная графика;
2. Битвы с боссами теперь можно будет пройти без единого выстрела;
3. DLC "Tong Rescue" и "The Missing Link" уже включены в игру и стали более органично вписываться в основной сюжет игры (однако, их нельзя выбрать из главного меню и пройти отдельно);
4. Переосмысление баланса между стелс- и экшн-составляющей;
5. Улучшенный искусственный интеллект.