сначала нужно извлечь из мкв, видео и звуковую дорожку как написал кролик только
MKVExtractGUI - ставиться поверх MKVToolNix, потом уже сводить в любом видео редакторе, я бы посоветовал Sony Vegas.
мкв это не формат видео, а всего лишь контейнер (архив) в нем может быть что угодно(видео, аудио,любые сабы, шрифты и тд) поэтому многий софт не поддерживает этот формат потому что бессмыслено читать его, если можно легко извлечь из него без перекодирования